"גאות ושפל" (האינתיפדה השניה) 2000 - 2005

עם התגברות העימות עם הפלסטינים שולבו במרחב גם יחידות החטיבה. הפלס"ר הגביר את פעילותו באיו"ש, באזור של שקד, תחת פיקוד החטיבה המרחבית מנשה, לשם הגיע מפעילות בעזה. בפעילות בעזה באזור נצרים, ממש לפני שיא העימות, נפצע קשה לוחם של הפלס"ר בחילופי ירי עם שוטרים פלשתינאים, ולימים באופן מאד מפתיע, הצליח להתאושש. בעקבות הפלס"ר נכנסו לפעילות בשטחים גם גדודי החטיבה והראשון שבהם גדוד 75 שפעל בגזרת טול כרם ככוח טנקים וככוח רגלי.
אל"ם חלוצי רודוי התמנה למפקד החטיבה עם התגברות הפעילות המחודשת של הפלסטינים בשטחי יהודה שומרון ועזה. החטיבה חנתה כל העת בסמוך לגזרת האחריות שלה במתארים האופרטיביים של הגנת רמת הגולן. גדוד או שנים מגדודי החטיבה שולבו במשימות של גבול הצפון אליו נסוגו הכוחות לאחר ההתפנות מרצועת הביטחון בדרום לבנון. כאן שולבו הטנקים באבטחת המרחב בעיקר במארבים לאורכו של קו המגע החדש. הדגש כל העת היה על מקצועיות של טנקיסטים במסגרת משימתם העיקרית.
התפרצותה של האינתיפאדה הציפה את השאלה - האם החטיבה במשימותיה ובגזרתה רלוונטית למצב החדש? המשמעות הייתה שיש צורך לחשוב על כיוונים אחרים. רבות עמל המח"ט לשכנע את המפקדות והמפקדים שמעליו שאפשר לנצל את החטיבה ולוחמיה בגזרות האחרות.
גדודי החטיבה לקחו חלק כבר במבצעים הראשונים של האינתיפאדה בשנת 2000, בשטחי יהודה ושומרון. הגדודים חברו ככוח טנקים לחטיבות החי"ר שהיו אחראיות למבצעים השונים. מפקדת החטיבה נותרה בדרומה של רמת הגולן כדי לא לפגוע בכוננות. לוחמי החטיבה התאימו עצמם לעשייה החדשה בהפגינם יכולת רבה ומקצועיות גבוהה. הטנקים של החטיבה פעלו עתה בשכם ובג'נין אך גם ברצועת עזה. בעקבות רצח השר רחבעם זאבי הופעל לראשונה גדוד 75 במסגרת מבצע "סכין קהה 5", יחד עם כוח צנחנים לכיבוש העיר טול כרם. הגדוד שהגיע לאחר שמונה חודשי תעסוקה בקווי לבנון היה צריך להתאים עצמו לסוג זה של לחימה בתוככי השטח הבנוי.
הגדוד בהרכב של כוחות נוספים של הנדסה, צנחנים ומג"ב, ביצע את משימתו לאחר לימוד מעמיק של השטח והתנאים המיוחדים להם לא היה מורגל. במסגרת המבצע המרכזי של "חומת מגן" כמו גם במבצעים האחרים שאפינו את "גאות ושפל" נפרסו הטנקים ופעלו על פני שטחים נרחבים ביותר.
עם הירידה באינטנסיביות של הלחימה הופעלו צוותי הטנקים גם בפעילות של חיילי רגלים. הדחף לקחת חלק בפעילות הביא לשילוב הכוחות בתעסוקות המבצעיות במרחבי הלחימה. המוטיבציה שהפגינו הלוחמים הייתה גבוהה ביותר.